唐初，地方州府未有孔目官，隨著使司常駐地方化，使司所屬的判官、孔目官、典等，也都被固定設置。孔目官和判官一樣，由地方長吏自辟任命，和長吏的關係比較密切。孔目官除為長吏處理財計出納外，在政治上也有所謀策或建議，藉以鞏固長吏的權位，頗能得到長吏的信任和重用。尤其唐末、五代政權迅速轉換過程中，一些長期跟隨藩帥長吏的元從孔目官，在其長吏成為創業君主後，比較能遷轉至重要的職官，甚至成為宰執。但另一方面，孔目官從類似幕僚角色，逐漸被歸屬於州府吏職，其在州府中地位不斷下降，此可從遷轉及職務的限制得到印證。尤其是宋代，孔目官與長吏的關係，不如唐末、五代時密切，因此孔目官只能依靠年勞轉選軍職。宋廷對孔目官遷轉與職責的限制，和士人政治社會地位的提昇有關。士人認為文吏雖然能聚財為國所用，但不恤民而易於違法；也因文吏無道德修養，出職任官就容易挾姦行私，敗壞官風，所以對文吏的遷轉與職責，士人皆主張有所限制。