做為史學研究領域的新兵，「函關猶未出，千里路漫漫」。自忖於商量舊學、培養新知的過程中眼界容或困勉時進，唯究際通變的識量與心量則仍待蓄艾積力。

學位論文

1. 《時代與思潮轉折點上的異數：陳確 (1604-1677) 思想析論》（臺北：國立臺灣大學歷史研究所碩士論文，1991）。
2. “Confucianism Encounters Religion: The Formation of Religious Discourse and the Confucian Movement in Modern China” (PhD diss., Harvard University, 1999).

論文

1. 〈試論唐律之加刑與減刑〉，《史繹》19 (1985)：5-34。
2. 〈義理、考據與歷史重建──試論黃梨洲對陽明「心體無善無惡」說的考訂、疏通與曲解〉，《鵝湖》177（臺北：鵝湖出版社，1990），頁11-26。
3. “Propitious Omens and the Crisis of Political Authority: A Case Study of the Frequent Reports of Auspicious Clouds During the Yongzheng Reign,” in Paper On Chinese History (Cambridge, Mass.: Harvard University, 1994), Vol. 4, pp. 77-94.
4. 〈聖王典範與儒家「內聖外王」的實質意涵──以孟子論舜為基點〉，收入黃俊傑編，《孟子思想的歷史發展》（臺北：中央研究院中國文學哲學研究所籌備處，1995），頁23-67。
5. 〈「宗教」──一個中國近代文化史上的關鍵詞〉，《新史學》13.4 (2002)，頁37-66。
6. 〈中國夜未眠──明清時期的元宵、夜禁與狂歡〉，《中央研究院歷史語言所集刊》75.2 (2004)，頁283-329。
7. 〈皇帝的最後一道命令──清代遺詔製作、皇權繼承與歷史書寫〉，《臺大歷史學報》33 (2004)，頁161-213。
8. “Last Chapter Unfinished: The Making of the Draft Qing History and the Crisis of Traditional Chinese Historiography,” Historiography East and West 2.2 (Sept. 2004): 173-204.
9. 〈人去樓坍水自流──試論座落在文化史上的黃鶴樓〉，收入李孝悌主編，《中國的城市生活：十四至二十世紀》（臺北：聯經出版事業公司，2005），頁367-416。
10. “At the Threshold of the Pantheon of Religions: Confucianism and the Emerging Religious Discourse at the Turn of the Twentieth Century,” Paths Toward Modernity: Conference to Mark the Centenary of Jaroslav Průšek (Prague: Charles University, 2008), pp. 239-267.

會議論文

1. “From Intellectual 'Teaching' to Mass 'Religion': 1898 and the Confucian Movement” (conference paper for The Annual Meeting of the Association for Asian Studies, Washington D.C., 1998).
2. “Last Chapter Unfinished: the Making of the Official Memory for the Last Chinese Dynasty and the Crisis of the Traditional Historiography” (conference paper for the International Conference on Modern Chinese Historiography and Historical Thinking, Heidelberg, Germany, May 23-27, 2001).
3. 〈黃鶴樓：人去樓坍水自流──一個樓的文化史〉，發表於中央研究院歷史語言研究所、國立暨南國際大學歷史系合辦，「中國城市與生活：十四至二十世紀」國際學術研討會，南投：國立暨南國際大學歷史系，2001年12月19-21日。
4. 〈玩意、博戲與禁律──從亡明馬弔到國賭麻將，發表於中央研究院歷史語言研究所、國立故宮博物院、中央研究院蔡元培人文社會科學中心合辦，「過眼繁華：明清江南的生活與文化」國際學術研討會，臺北：中央研究院歷史語言研究所，2003年12月18-20日。
5. 〈孔‧教‧會──近代中國孔教運動中的宗教論述與社會群體〉，發表於中央研究院民族研究所主辦，「宗教教義、實踐與文化：一個跨學科的整合研究」學術研討會，臺北：中央研究院民族研究所，2004年4月16-17日。
6. 〈在宗教的萬神殿前：儒教與第一次世界宗教大會 (1893)〉，發表於「近代中國的知識建構，1600-1949」國際學術研討會，臺北：中央研究院近代史研究所，2004年11月25-26日。
7. 〈競渡中的社會與國家──明清端陽節慶的官方調空與民間動員〉，發表於中國社科院近史所、青島大學合辦，首屆「中國近代社會史」國際學術討論會，青島：青島大學，2005年8月9-11日。
8. 〈在國家權力與民間信仰交界的邊緣：以明儒湛若水禁毀南京淫祠為例證〉，發表於中央研究院歷史語言研究所主辦，「明清司法運作中的權力與文化」國際研討會，臺北：中央研究院歷史語言研究所，2005年10月13-15日。
9. “At the Threshold of the Parthenon of Religions: Confucianism and the Emerging Religious Discourse at the turn of the Twentieth Century” (conference paper for International Conference on Religion, Modernity, and the State in China and Taiwan, U. C. Santa Barbara, October 28-30, 2005).
10. “The Rhetoric of Pingdeng in Transition: From Religious to Political Equality” (conference paper for the Annual Meeting of the Association for Asian Studies, San Francisco, April 6-9, 2006).
11. 〈從激進論述到流行話語──近代「平等」論述在綱常傳統中的移植、衝突與轉化〉，發表於「近代東亞的知識生產與轉換」國際研討會，日本：東京大學，2006年7月21日。
12. “Sex and the City in the Festivals: A Preliminary Study on Women and Festivals in Late Imperial China” (conference paper for the International Conference on City Life in Jiangnan: From Late Imperial to Early Modern China, Harvard University, Boston, October 6-7, 2006).
13. “At the Threshold of the Parthenon of Religions: Confucianism and the Emerging Religious Discourse at the turn of the Twentieth Century” (conference paper for the International Conference on Paths toward Modernity, Charles University, Prague, Czech Republic, October 12-14, 2006).
14. 〈從馬弔到麻雀──市井遊藝與士林傳統交織的歷史因緣〉，發表於本院主題研究計畫與日本京都大學合辦，「日本・中國近世の都市生活」學術研討會，京都：京都大學人文科學研究所，2007年11月10-11日。
15. 〈孔‧教‧會──近代中國近代中國儒家傳統的宗教化與社團化〉，發表於「中國史新論──宗教篇」研討會，臺北：中央研究院歷史語言研究所，2007年11月28日。
16. 〈從壇祀到廟祭──明清城市官方祀典的佈局與衍變〉，發表於中央研究院歷史語言研究所與本院「明清的城市文化與生活」主題計畫共同主辦，「進入中國城市：社會史與文化史的視野」國際學術研討會，臺北：中央研究院歷史語言研究所，2007年12月13-15日。