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學位論文
- Change and Stability in the Dietary System of a Prehistoric Coastal Population in Southern Taiwan (Ph.D.Dissertation, Arizona State University, Tempe 1997).
專書
- Prehistoric Settlement Pattern in the Payson
Area, Arizona (Taipei: Southern Materials Center,
Inc., 1988).
- 《恒春半島的人文史蹟》，墾丁國家解說教育叢書之十二，恒春：內政部營建署墾丁國家公園管理處，2001。
- 《靈魂與歷史的脈動：論國立清華大學仙宮校區的墓葬形制和出土重要文物》，新竹：國立清華大學，2004。
- 《靈魂與歷史的脈動：論國立清華大學仙宮校區的墓葬形制和出土重要文物》修訂二版，新竹：國立清華大學，2005。
論文
- 談台灣地區新考古學研究發展所見的問題，《大陸雜誌》78，6（1989），頁272-276。
- 史前聚落型態的研究──舉北美西南地區的案例，《輔仁大學歷史學報》1（1989），頁1-20。
- 淺談台灣地區農作栽培的考古學研究，《田野考古》3，1（1992），頁7-20。
- 談工程建設與文化資產的維護──以中央研究院學人社區基地文化資產調查評估計畫為例，《田野考古》3，2（1993），頁23-31。
- Change and Stability in the Dietary System
of a Prehistoric Coastal Population in Southern
Taiwan: A Reasarch Design, Journal of Taiwan
Museum 46, 1 (1993), pp. 47-67.
- Prehistoric Coastal Adaptations in Southern
Taiwan: Economic and Ecological Perspectives,
Bulletin of the Dept. of Anthropology 50 Taipei:
National Taiwan University, 1994.
- 龜山遺址出土食用貝類及其相關問題的探討，《田野考古》5，1（1994），頁45-86。
- 再看三千年前台灣南端的漁撈和採貝，《藍色運動：尋回臺灣的海洋生物》，第三屆台灣海洋環境大會論文集，頁162-174。聯副文叢47，中央研究院動物研究所，2000。
- 考古學與科際合作：理論與實際，《學術史與方法學的省思》，中央研究院歷史語言研究所七十周年所慶研討會論文集，頁267-277，2000。
- 台灣生態考古學研究的回顧與展望，《中國考古學跨世紀的回顧與前瞻》，1999年西陵國際學術研討會文集，（北京：科學出版社，2000），頁92-102。
- 論龜山遺址出土穿孔人齒的意義，《歷史語言研究所集刊》，72(3):699-722，2001。
- Change and stability in the dietary system
of prehistoric O-luan-pi inhabitants in southern
Taiwan. Bulletin of the Indo-Pacific Prehistory
Association 20(4): 159-164, 2000.
- X-射線照相技術在考古學研究上的應用，《古今論衡》4（2000）：115-119。(與蘇春華合著)
- 對台灣歷史教科書中「史前史」部份的疑義，《新史學》，第12卷第2期，頁173-193，2001。
- Prehistoric marine fishing adaptation in
southern Taiwan，JEAA (Journal of East Asian
Archaeology)3.1/2(2002): 47-74.
- 台灣南部•鵝鑾鼻地域における先史漁撈，松井章編，《考古科學的研究法から見た木の文化．骨の文化》（奈良：獨立行政法人文化財研究所奈良文化財研究所，2003），頁71-87。
- Ceramic Remains from Kueishan and Discussions
Relating to the Relationship of Formosan Aborigines
in Southern Taiwan〉， Bulletin of the National
Museum of Natural science 16(2003) :79-90。
- 從考古遺留論台灣史前人的飲食習慣，《中國飲食文化》1（1）:49-98，2005。
- 台南出土の肥前磁器，《金大考古》48:6-10，2005。（與野上建紀、盧泰康、洪曉純合著）
- 來自遠古海洋牧場的遺留：澎湖地區出土的史前貝類，《第四屆澎湖研究學術研討會論文集》2005。
- 藝術風格的考古分類：以龜山遺址出土人形文飾陶片為例，《2003年海峽兩岸藝術史學與考古學方法研討會論文集》，國立臺南藝術大學藝術史學系／藝術史與藝術評論研究所出版，頁57-78，2005。
- 論墾丁史前聚落遺址的貝類採集及其古代水體環境的意義，《南島學報》1(2)：47-63，2005。
- 從碳氧同位素分析論古代台灣貝類採集與古環境的含意，《新世紀的考古學－文化、區位、生態的多元互動》，P.107－162，北京：紫禁城出版社，2006。
會議論文
- 台彎地區生態考古學研究的發展，「台灣考古百年紀念研討會」(1996)。
- Impacts of Prehistoric Agricultrual Societies
on the Environment: Effects on Animal Populations
in Habitat Islands（與James, Steven R.合著），「美國考古學會第63屆年會」（1998）。
- Prehistoric marine fishing adaptation in
the O-luan-pi area, southern Taiwan，Paper presented
at International Conference of Archaeological
Science Focusing on Bones and Woods, Nara, Japan,
February 9.
- 〈台灣史前的討海人〉，台灣海洋文化與海岸變遷，千禧年海洋研習營會議論文，國立海洋科技博物館籌備處，2000。
- 論鵝鑾鼻第二史前遺址的蠑螺遺留，珠江三角洲與臺灣地區考古－近年來的新發現和新評估研討會論文，（台北：中央研究院歷史語言研究所，2001）。
- A Recent Study of Ceramic Remains from kuei-shan
and Problems Relating to the Dispersal of Formosan
Aborigines in Southern Taiwan. 台灣南島文化國際研討會會議論文
2001.12.11。
- The Significance of Prehistoric Shark Remains
in Taiwan,「2002國際鯊魚研討會：鯊魚資源之永續利用及保育」，2002.5.13-16。
- Current Taiwanese Archaeological Studies
that Adopt an Ecological Approach，發表於「第17屆IPPA會議」（2002.9.9-15）。
- Recent Archaeological Discoveries in the
Tainan Science-based Industrial Park in Southern
Taiwan，與臧振華、朱正宜合撰，發表於「第17屆IPPA會議」（2002.9.9-15）。
- 從現生貝類調查談澎湖地區的史前貝類遺留，與鍾柏生、臧振華合撰，發表於「2002年台灣的考古學研究學術研討會」（2002.12.9-10）。
- 論台灣南端史前海岸環境及生物資源利用的變遷，發表於「國科會87至90年度人類學門專題補助研究成果發表會」（臺北：中央研究院民族學研究所，2003.9.26-27）。
- 論墾丁史前聚落遺址的貝類採集及其古代水體環境的含意，慶祝宋文薰教授八秩華誕學術研討會－台灣史前史與民族學研究的新趨勢，祝壽論文集，2003.10.17。
- 從碳氧同位素分析論古代台灣貝類採集與古環境的含意，「新世紀的考古學─文化、區位、生態的多元互動」學術研討會論文，台北：中央研究院歷史語言研究所，2003.10.22-24。
- 藝術風格的考古分類：以龜山遺址出土人面紋飾陶片為例，海峽兩岸藝術史與考古學方法研討會論文，台南：國立台南藝術學院，2003.10.25-26。
- "The Development of prehistoric fishing
technology that linked with social change in
Southern Taiwan." 3.31-4.4,2004,Montreal,
Canada. 第69屆美洲考古學會會議論文。
- 來自遠古海洋牧場的遺留：論澎湖地區出土的史前貝類，第四屆「澎湖研究」學術研討會會議論文，澎湖：澎湖縣政府文化局，2004.9.9-10。〈鍾柏生、臧振華為共同作者〉
- 恒春半島石板屋聚落遺址的空間關係研究，「2004年臺灣考古工作會報」會議論文，台北：中央研究院人文社會科學研究中心，2004.12.4-5。
- 碳氧同位素分析在考古學研究上的應用：以墾丁遺址出土貝類遺留為例，第七屆中國科技考古學術討論會會議論文，長春：吉林大學，2004.10.10-15。
- 南科考古發掘對台灣史前史的新挹注，「當達悟遇上南瀛—第三屆蘭嶼研究群年會」論文，中央研究院民族學研究所主辦，2005.12.11。
- 試論台南地區出土的十七世紀日本肥前青花瓷，「2005年台灣考古工作會報」，國立台灣史前文化博物館主辦，2006.3.4-5。(李匡悌、盧泰康、朱正宜、臧振華共同發表)
- 淺談考古學上植物遺留的研究方法，「2005年台灣考古工作會報」，國立台灣史前文化博物館主辦，2006.3.4-5。(徐子富、屈慧麗、何傳坤、朱正宜、李匡悌、臧振華、謝兆樞、邢禹依共同發表)
- 台灣出土古稻的初步研究，「2005年台灣考古工作會報」，國立台灣史前文化博物館主辦，2006.3.4-5。(王映皓、朱正宜、李匡悌、臧振華、屈慧麗、何傳坤、邢禹依、謝兆樞共同發表)
- 論台南地區史前採貝經濟策略與古環境意涵：碳氧同位素分析的考古學應用，「2005年台彎考古工作會報」，國立台灣史前文化博物館主辦，2006.3.4-5。(李匡悌、米泓生、施峰熙、臧振華、朱正宜共同發表)
- Shellfish, Subsistence and Paleoenvironmental implications: Isotopic study of shell remains lately unearthed from Tainan Science-based Industrial Park, Taiwan，「第18屆印度太平洋史前史學會會議」，菲律賓馬尼拉，2006.3.20-26。
調查研究報告
- 南港山豬窟垃圾掩埋場預定基地文化遺址調查評估計畫，（台北：中央研究院歷史語言研究所，1992）。
- 中央研究院學人社區基地文化資產調查評估報告，（台北：中央研究院歷史語言研究所，1992）。
- 國立海洋生物博物館基址龜山史前遺址調查評估報告，（高雄：國立海洋生物博物館籌備處，1993）。
- 第二高速公路後續計畫快官草屯路段文化遺址試掘補充調查報告，（交通部台灣國道新建工程局，1996）。
- 核能四廠出水管線預定地砲台腳遺址發掘評估報告，（台電公司委託執行，1998）。
- 淡水河北側沿河快速道路文化遺址試掘補充調查報告，（交通部台灣國道新建工程局，1999）。
- 台閩地區考古遺址普查研究計畫第五期年度報告-桃園、新竹、苗栗地區，（內政部委託，2000）。
- 探討台灣南端史前聚落的動物資源利用與經營策略，國科會補助專題研究計劃成果報告(NSC89-2412-H-001-013
)，2000.10。
- 墾丁國家公園史前文化遺址現況調查及地理資訊系統檔案建立計劃報告，（內政部營建署墾丁國家公園管理處委託，2000）。
- 再論鵝鑾鼻第二史前遺址的鯊魚遺留：種及生命期的判定，國科會補助專題研究計劃成果報告
(NSC89-2412-H-001-017)，2001.10。
- 台南科學工業園區二期擴建區史前文化遺址調查評估報告，(財團法人中華顧問工程公司委託，2001.10)。（與莊守正合著）
- 台南科學工業園區特定區史前文化遺址調查報告，(龍邑顧問工程公司委託，2001.12)。
- 新竹科學工業園區第四期擴建用地銅鑼基地出水坑口Ⅱ文化遺址調查研究計畫期末報告（新竹科學工業園區管理局委託，2002）。
- 國立清華大學校區雞卵面公墓清理及遷移歷史考古學監控及搶救計劃報告，（國立清華大學委託，2001）。
- 國立聯合大學八甲校區開發基地文化遺址調查研究計畫期末報告，（國立聯合技術學院委託，2003）。
- 三舍暨社內遺址受相關水利工程影響範圍考古搶救發掘工作計畫期末報告，（台南縣政府委託，2004）。
- 恒春半島石板屋聚落遺址的空間關係研究，行政院國家科學委員會92年度人類學門專題補助研究計畫成果報告，2003。
- 國立聯合大學八甲校區新增田徑運動場範圍文化遺址調查工作計畫期末報告，（國立聯合大學委託，2005）。
- 論臺灣史前採貝經濟策略與古環境意涵，行政院國家科學委員會93年度人類學門專題補助研究計畫期中報告，2005。
- 論臺灣史前採貝經濟策略與古環境意涵，行政院國家科學委員會94年度人類學門專題補助研究計畫期末報告，2006。
書評
- 評劉撰「臺灣中部地區史前晚期文化的檢討」，臺灣博物館民族誌論壇社，通訊季刊第4卷，第1期，頁35-49，2001。
其他
- 如何在博物館尋寶，《精湛季刊》8（1989），頁24-25。
- 考古學研究與社會，《人類與文化》25（1989），頁41-45。
- 鵝鑾鼻公園地區史前漁撈活動研究（屏東：內政部營建署墾丁國家公園管理處，1989）。
- 走過鵝鑾鼻公園的從前，《墾丁國家公園簡訊》18（1993），頁14-16。
- 龜山：跨越歷史的門檻，《墾丁國家公園簡訊》20（1993），頁24-27。
- 考古學研究與考古資料的處理與分析：以龜山遺址為例，（台灣地區地方考古人才培訓班課程講義，1994），頁84-102。
- 探討台灣南端史前聚落的海洋適應：以龜山史前遺為例（高雄：國立海洋生物博物館籌備處，1994）。
- 恒春半島史前海岸聚落的比較研究：以龜山史前遺址和鵝鑾鼻第二史前遺址為例（高雄：國立海洋生物博物館籌備處，1995）。
- 從鵝鑾鼻考古遺址談古環境之衝擊，《地球科學園地》16（2000）：14-23。
- 鹽水溪上游新近發現考古遺址的貝殼遺留，《南瀛文獻》改版第1輯，2002.1，頁52-60。
- 論二十世紀末台灣考古學研究的取徑：從「新竹市上沙崙遺址研究計畫」談起，《臺灣博物館民族誌論壇社》，通訊季刊第4卷第2期，頁52-61。
- 貝殼的故事，《文化視窗》57（2003），頁36-38。
- 不折不扣的科際整合環境考古學，《文化視窗》57（2003），頁38-39。
- 靈魂與歷史的脈動：論新竹雞卵面義塚的墓葬形制，《竹塹文獻雜誌》第31期，頁132-151，2004。
- 南灣地區現生及墾丁遺址出土之長硨磲(Tridacna maxima)殼體穩定碳氧同位素的環境意義，「民國95年地質學會年會壁報展示」，(林怡美、米泓生、李匡悌共同發表)
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