專書

1. 曲冰（台北：中央研究院歷史語言研究所田野工作報告之二，1994）。

論文

1. 殷代骨器中的龍形圖案之分析，《歷史語言研究所集刊》41，3（1969），頁455-496。
2. "青銅病"的現象及其處理方法，《大陸雜誌》41，7（1970），頁1-9。
3. 論宋代金石學之發達及其價值，《食貨月刊》（復刊）2，9（1972），頁18-30。
4. 4. 先秦相官名號，《台灣師範大學歷史學報》2（1974），頁247-260。
5. 5. 青銅盉形器的研究，《大陸雜誌》48，4（1974），頁49-177。
6. 6. 記邾討鼎之一複器，《歷史博物館館刊》7（1974），頁31-32。
7. 7. 青銅匜形器的研究，《東吳大學中國藝術史集刊》4（1975），頁33-65。
8. 8. 談"金石"與"篆刻"，《中華民國學會年刊》1（1977），頁26-38。
9. 9. 論中國青銅器的起源，《故宮季刊》12，4（1978），頁11-21。
10. 10. 殷商裝飾藝術中的眼紋，《東吳大學中國藝術史集刊》9（1979），頁27-39。
11. 11. 論"邦"與"國"，《食貨月刊》9，12（1980），頁467-475。
12. 12. 台灣的金箔製作工藝，《大陸雜誌》63，1（1981），頁16-32。
13. 13. 玉山國家公園的人文景觀，《科學月刊》13，8（1982），頁28-31。
14. 14. 濁水溪上游河谷的考古學調查，《歷史語言研究所集刊》53，4（1982），頁711-745。
15. 15. 論中國的「中石器時代」，《大陸雜誌》67，5（1983），頁228-243。
16. 16. 曲冰遺址第一次發掘報告，《歷史語言研究所集刊》52，4（1984），頁261-338。
17. 17. 八通關古道調查報告，《歷史語言研究所集刊》56，4（1984），頁791-823。
18. 18. 曲冰遺址第一次發掘簡報，《漢學研究》3，1（1985），頁255-289。
19. 19. 立霧溪流域的考古學調查，《歷史語言研究所集刊》60，2（1989），頁215-287。
20. 20. 陳仲玉、劉平妹，曲冰遺址的孢粉分析，《田野考古》1，1（1990），頁67-72。
21. 21. 美國歷史古蹟維護政策，《考古與歷史文化──慶祝高去尋先生八十大壽論文集》（上）（台北：正中書局，1991），頁277-309。
22. 22. 史前花蓮，《大自然》37（1992），頁58-63。
23. 23. 陳仲玉、楊淑玲，蓮花池史前遺址調查簡報，《國家公園學報》3（1991），頁153-162。
24. 24. 維護曲冰遺址的規劃理念，《中國民族學通訊》29（1993），頁25-29。
25. 25. 莫高窟遺址近年的維護工作，《科學史通訊》12（1993），頁29-31。
26. 26. 清代漢人拓殖埔里盆地與「眉番」所引起的族群變遷，《第一屆台灣本土文化學術研討會論文集》（台北：國立台灣師範大學，1994），頁637-649。
27. 27. 台灣與南海區域考古學相關研究的展望，《兩岸及海外華人南海學術研討會論文集》（台北：中國國際法學會主辦，1994）。
28. 殷商骨柶上的裝飾藝術，《歷史語言研究所集刊》66，3（1995），頁813-919。
29. 蘭嶼史前文化初探，《慶祝建館八十周年論文集》（台北：國立中央圖書館台灣分館，1995），頁667-715。
30. 環境影響評估中文化資產的調查與評估方法（上、下），《歷史文物》5，4；5，5（1995）頁92-96；頁130-133。
31. 陳仲玉、湯宗達，近百年間東沙島自然生態環境與人文景觀的變遷，《國立中央圖書館臺灣分館館刊》3，(1997)，頁85-95。
32. 福建省金門島考古遺址調查，《國家公園學報》7，1-2（1997），頁87-104。
33. 東沙島與南沙太平島的考古學初步調查，《歷史語言研究所集刊》68，2(1997)，頁449-502。
34. 古代土城的居民，《擺接風華土城情》（台北縣土城市：土城市公所，1997）。
35. 近年來中國南海地區的考古工作，《中央研究院東南亞區域研究通訊》4（1998)，頁8-15 。
36. 論中國人向南海海域發展的四個階段，《國立中央圖書館臺灣分館館刊》4，4（1998)，頁85-98。
37. 台灣的『人』和文化－史前篇，《大自然》58（1998），頁20-27。

書評

1. 李濟教授和他的新著《安陽發掘》，《出版與研究半月刊》9（1977）。

會議論文

1. 中國南海區域考古學研究相關資料的四個範疇，「海南暨南海學術研討會」（台北：國立政治大學歷史學系，1995.10.18-19）。
2. 陳仲玉（董倫道合撰），金門地區透地雷達探測貝塚，《第四屆科學史研討會彙刊》(台北：中央研究院科學史委員會，1996），頁269-275。
3. 國家公園與歷史古蹟－以金門地區為例，《第二屆中日國家公園暨保護區經營管理研討會論文集》（台北：中華民國國家公園學會，1997）。
4. 古代福州與琉球的海上交通，《福州"治"城學術討論會論文集》（福州：福州文物局主辦 ，1998）。
5. A Prehistoric Settlement in the Mountains of Central Taiwan─and Discussion of the Origin of Mountainous Settlements, Actes XIIe Congres International des Siences Prehistoriques et Protohistoriques, vol. 3, pp. 465-470, (September 1-7, 1991) 1993, Bratislava, Slavakia;《陳奇祿院士七秩榮慶論文集》（台北：陳奇祿院士七秩榮慶論文集編輯委員會，1992），頁451-463。
6. Prospects for Archaeological Research on the South China Sea Region, XIIIth International Congress of Prehistoric and Protohistoric Sciences (Proceeding, September 8-14, 1996), Forli, Italy; SPAFA Journal Vol. 6 No. 2, the SEAMEO Regional Centre for Archaeology and Fine Arts, Bangkok, Thailand, 1997.
7. Sea Nomads in Prehistory on the Southeast Coast of China, Proceedings of the 16th Congress of the Indo-Pacific Prehistoric Association, 1-7 July, 1998, Melaka, Malaysia.

其他

1. 陳仲玉、曾振名，玉山國家公園預定地區人文史蹟調查（台北：中央研究院歷史語言研究所，1982）。
2. 陳仲玉等，太魯閣國家公園人文史蹟調查（台北：中央研究院歷史語言研究所，1986）。
3. 陳仲玉等，陽明山國家公園人文史蹟調查（台北：中央研究院歷史語言研究所，1987）。
4. 陳仲玉等，蘭嶼考古學初步調查（台北：中華民國自然保育協會，1989）。
5. 陳仲玉等，布洛灣泰雅族文化展示館規劃（台北：中央研究院歷史語言研究所，1990）。
6. 宋文薰、尹建中、黃士強、連照美、臧振華、陳仲玉、劉益昌，台灣地區重要考古遺址初步評估第一階段研究報告（台北：中國民族學會，1992）。
7. 黃士強、臧振華、陳仲玉、劉益昌，台閩地區考古遺址普查研究計畫第一期研究報告（台北：中國民族學會，1993）。
8. 陳仲玉等，曲冰遺址維護規劃案（台北：中央研究院歷史語言研究所，1993）。
9. 私立青雲老人安養中心──用地史蹟調查報告（台北：中央研究院歷史語言研究所，1993）。
10. 陳仲玉、陳維鈞，苗栗通霄海埔地造地開發計畫環境影響評估案（台北：中央研究院歷史語言研究所，1993）。
11. 陳仲玉、陳維鈞，玉里長濱公路新建計畫環境影響說明書文化遺址評估工作（台北：中央研究院歷史語言研究所，1994）。
12. 陳仲玉等，土地公山遺址第三次發掘報告：台北都會區大眾捷運系統土城延伸線文化遺址發掘及初步展示規劃期末報告（台北：中央研究院歷史語言研究所，1994）。
13. 陳仲玉、陳維鈞，關西機械科技專業區開發工程計畫文化遺址影響評估案（台北：中央研究院歷史語言研究所，1994）。
14. 臧振華、陳仲玉、劉益昌，台閩地區考古遺址普查研究計畫第二期研究報告（台北：中央研究院歷史語言研究所，1994）。
15. 陳仲玉(董倫道合撰)，《金門地區考古遺址初步調查(一)》，內政部營建署委託（台北：中華民國國家公園學會研究，1995）。
16. 《東沙島南沙太平島考古學初步調查》，地政叢書第二十九輯，內政部委託（台北：中央研究院歷史語言研究所，1995）。
17. 陳仲玉(董倫道、黃信凱合撰)，《金門島考古遺址調查研究》，金門國家公園管理處委（台北：中央研究院歷史語言研究所，1997）。
18. 史學所遷南港的第一倉庫，《新學術之路--中央研究院歷史語言研究所七十周年紀念文集》（台北：中央研究院歷史語言研究所，1998），頁1009-1014。