專書

1. Frederick W. Mote and Hung-lam Chu, Calligraphy and the East Asian Book (Boston and Shaftesburg: Shambhala Press, 1989).
2. 《明儒學案點校釋誤》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1991）。
3. 《中國近世儒學實質的思辨與習學》（北京：北京大學出版社，2005年）。
4. 《明人著作與生平發微》（桂林：廣西師範大出版社，2005）。

論文

1. 〈錢謙益《國初群雄事略》撰作經過與成書年代推考〉，《明清史集刊》1 (1984)：77-103。
2. 〈理論型的經世之學──真德秀《大學衍義》之用意及其著作背景〉，《食貨月刊》（復刊）15.3/4 (1985)：16-27。
3. 〈《熙朝名臣實錄》即《續藏書》考〉，《大陸雜誌》72.6 (1986)：29-35。
4. 〈試論《熙朝名臣實錄》冒襲《續藏書》緣由〉，《大陸雜誌》73.1 (1986)：35-37。
5. "Ch'iu Chun's Ta-hsueh yen-i pu and Its Influence in the Sixteenth and Seventeenth Centuries," Ming Studies 22(1986): 1-32.
6. "The Colby Collection of Rare Chinese Books," The Gest Library Journal 1.1 (1986): 7-33.
7. "High Ch'ing Intellectual Bias as Reflected in the Imperial Catalog," The Gest Library Journal 1.2 (1987): 51-66.
8. 〈《永樂大典》纂修人考補〉，《故宮學術季刊》5.2 (1987)：57-72。
9. 〈明人張翀《鶴樓集》介紹〉，《大陸雜誌》75.5 (1987)：7-9。
10. 〈《明史》張翀傳補正〉，《大陸雜誌》75.6 (1987)：18-21。
11. 〈記宋懋澄《九籥集》〉，《漢學研究》5.2 (1987)：559-565。
12. "The Authorship of the Story Chung Ch'ing Li-chi," Asia Major, Third Series, 1.1 (1988): 71-82.
13. 〈《王文成公全書》刊行與王陽明從祀爭議的意義〉，收入楊聯陞、全漢昇、劉廣京主編，《國史釋論：陶希聖先生九秩榮慶祝壽論文集》（臺北：食貨出版社，1988），下冊，頁567-581。
14. "The Debate Over Recognition of Wang Yang-ming," Harvard Journal of Asiatic Studies 48.1 (1988): 47-70.
15. "Intellectual Trends in the Fifteenth Century," Ming Studies 27 (1989): 1-33.
16. 朱鴻林、裴德生合著，〈徐光啟、李之藻、楊廷筠成為天主教徒試釋〉，收入中國社會科學院歷史研究所明史研究室編，《明史研究論叢》5（南京：江蘇古籍出版社，1991），頁477-497。
17. 〈明代中期地方社區治安重建理想之展現──山西河南地區所行鄉約之例〉，《中國學報》32（韓國，1992），頁87-100。
18. 〈略論葉春及的功業和經世政論〉，收入羅炳錦、劉健明編，《明末清初華南地區歷史人物功業研討會論文集》（香港：香港中文大學歷史系，1993），頁153-164。
19. 〈明儒湛若水撰帝學用書《聖學格物通》的政治背景與內容特色〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》62.3 (1993)：495-530。
20. "The Community Compact in Late Imperial China: Notes on Its Nature, Effectiveness, and Modern Relevance," The WoodrowWilsonCenterAsia Program Occasional Paper 52 (1993): 1-11.
21. 〈鄭經的詩集和詩歌〉，《明史研究》4 (1994)：212-230。
22. "Huang Zuo's Meeting with Wang Yangming and the Debate over the Unity of Knowledge and Action," Ming Studies 34 (1995): 53-73。
23. 〈丘濬《朱子學的》與宋元明初朱子學的相關問題〉，收入林天蔚編，《嶺南文化新探究論文集》（香港：現代教育研究社，1996），頁63-79。
24. 〈《朱子學的》的流傳與評價〉，《史藪》2 (1996)：177-198。
25. 〈《明儒學案》中之唐伯元文字〉，《國家圖書館館刊》85.2 (1996)：129-142。
26. 〈陽明從祀典禮的爭議和挫折〉，《中國文化研究所學報》新5 (1996)：67-181。
27. 〈元儒吳澄從祀孔廟的歷程和時代意涵〉，《亞洲研究》23 (1997)：269-320。
28. 〈元儒熊禾的傳記問題〉，《慶祝楊向奎先生教研六十年論文集》（石家莊：河北教育出版社，1998），頁344-354。
29. 〈元儒熊禾的學術思想及其從祀孔廟議案〉，《史藪》3 (1998)：173-209。
30. 〈明太祖的孔子崇拜〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》70.2 (1999.6)：483-530。
31. 〈明代嘉靖年間的增城沙堤鄉約〉，《燕京學報》（北京）新8 (2000)：107-159。
32. 〈為學方案﹕學案著作的性質與意義〉，收入熊秉真編，《讓證據說話•中國篇》（臺北：麥田出版社，2001），頁287-318。
33. 〈文集的史料意義問題舉說﹕並論明儒陳白沙文集的文本差異問題〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》73. (2002.9)：553-582。
34. 〈二十世紀的明清鄉約研究〉，《歷史人類學學刊》2.1 (2004)：175-196。
35. 〈明儒陳白沙對林光的出處問題之意見〉，收入《文集》編委會編，《顧誠先生紀念暨明清史研究文集》（鄭州：中州古籍出版社，2004），頁56-79。
36. 〈陳白沙的出處經驗與道德思考〉，收入鍾彩鈞、楊晉龍主編，《明清文學與思想中之主體意識與社會──學術思想篇》（臺北：中央研究院中國文哲研究所，2004），頁11-54。
37. 〈明太祖的經史講論情形〉，《中國文化研究所學報》45 (2005)：141-172。
38. 〈傳記、文書與宋元明思想史研究〉，《中華文史論叢》2006.2 (總82)：201-228。
39. 〈申時行的經筵講章〉收入國家圖書館、中央研究院歷史語言研究所、國立臺灣大學中國文學系編，《屈萬里先生百歲誕辰國際學術研討會論文集》（臺北﹕國家圖書館，2006），頁509-533。
40. 〈劉基《春秋明經》的著作年代問題》，《浙江工貿職業技術學院學報》6.4 (2006.12)：4-12。
41. "Confucian 'Case Learning': The Genre of Xue'an Writings," in Thinking with Cases: Specialist Knowledge in Chinese Cultural History, ed. Charlotte Furth, Judith T. Zeitlin and Ping-chen Hsiung (Honolulu: University of Hawaii Press, 2007), pp. 244-273.

書評

1. "Review of Action in Late Ming Thought: The Reorientation of Lu Kun and other Scholar-Officials by Joanna F. Handlin," Journal of Oriental Studies 22.1 (1984): 66-68.
2. 〈評懷效鋒著《四朝政治風雲》〉，《新史學》1.2 (1990)：145-154。
3. "Review of Waiting for the Dawn: A Plan for the Prince, Huang Tsung-hsi's Ming-i tai-fang lu by Wm. Theodore de Bary," The Journal of Asian Studies 53.2 (1994): 533-534.
4. "Review of The Chosen One: Succession and Adoption in the Court of Ming Shizong by Carney T. Fisher," Harvard Journal of Asiatic Studies 54.1 (1994): 266-277.
5. "Review of A Ming Society: T'ai-ho County, Kiangsi, in the Fourteenth to Seventeenth Centuries by John W. Dardess," China Review International.

會議論文

1. "The Ideal and Application of Community Rites as an Administrative Aid to Social Regulation in Mid-Ming China," (Conference paper for the Learning the Rules: Schooling, Law, and the Reproduction of Social Order in Early Modern Eurasia, Minneapolis, Minnesota, May 10-11, 1991).

編輯整理

1. 杜正勝、朱鴻林、張秀芬編輯，《傳承與求新──中央研究院歷史語言研究所簡介》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1998）。

翻譯

1. Chu Humg-lam, translator and editor, Tradition and Innovation: A Guide to the Institute of History and Philology, Academia Sinica (Taipei: Institute of History and Philology, 1998).