專攻元朝政治史、社會史，主要研究課題是蒙古人怎樣統治中國及蒙古人統治下的中國社會。目前主要工作有二：一是點校大元聖政國朝典章，二是編輯傅斯年圖書館所藏遼金元拓片。

專書

1. 《元代蒙古語文的教與學》（臺北：蒙藏委員會，1990）。
2. 《元代臺憲文書匯編》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2003）。
3. 洪金富編著，《遼宋夏金元五朝日曆》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2004）。

論文

1. 〈從元史到新元史〉，收入程發軔主編，《六十年來之國學》（臺北：正中書局，1974），第3冊，《歷史學》，頁329-379。
2. 〈元代監察制度的特色〉，《成功大學歷史學報》2 (1975)：219-276。
3. 〈元代漢人與非漢人通婚問題初探（一）〉，《食貨月刊》6.12 (1976)：1-19。
4. 〈元代漢人與非漢人通婚問題初探（二）〉，《食貨月刊》7.1 (1977)：11-51。
5. “China and the Nomads: Misconceptions in Western Historiography on Inner Asia,”Harvard Journal of Asiatic Studies 41.1 (1981): 597-628.
6. 〈數目字人名說〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》58.2 (1987)：281-379。
7. 〈從「投下」分封制度看元朝政權的性質〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》58.4 (1987)：843-907。
8. 〈「欽此」再議〉，收入楊聯陞、全漢昇、劉廣京主編，《國史釋論：陶希聖先生九秩榮慶祝壽論文集》（臺北：食貨出版社，1988），下冊，頁635-656。
9. 〈髑髏飲器史料一則〉，《大陸雜誌》77.4 (1989)：148, 163, 167。
10. 〈元代馬球史料二則〉，《大陸雜誌》80.1 (1990)：25, 28。
11. 〈元代的收繼婚〉，中央研究院歷史語言研究所出版品編輯委員會主編，《中國近世社會文化史論文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1992），頁279-314。
12. “The Tung Brothers: Tung Wen-ping (1217-1278), Tung Wen-yung (1224-1297), Tung Wen-chung(1230-1281),” in In the Service of the Khan: Eminent Personalities of the Early Mongol-Yuan Period (1200-1300), ed. Igor de Rachewiltz, Hok-lam Chan, Hsiao Ch'i-ch'ing and Peter W. Geier (Wiesbaden: Harrassowitz Verlag, 1993), pp. 621-645.
13. 〈四十萬蒙古說論證稿〉，收入蕭啟慶主編，《蒙元的歷史與文化：蒙元史學術研討會論文集》（臺北︰臺灣學生書局，2001），上冊，頁245-305。
14. 〈“受任使，服官政”──從《元史》的一個句讀談到忽必烈的掌印官董文忠〉，收入邱樹森、李治安主編，《元史論叢•第八輯》（南昌：江西教育出版社，2001），頁142-150。
15. 〈元代監察官吏的出巡日期問題〉，《新史學》13.2 (2002)：157-176。
16. 〈元朝怯薛輪值史料攷釋〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》74.2 (2003)：325-388。
17. 〈元朝皇帝的蒙古語稱號問題〉，《漢學研究》23.1 (2005)：461-497。
18. 〈《元典章》點校例釋〉，《中國史研究》（北京）2005.2：113-118。
19. 〈元《析津志•原廟•行香》篇疏證〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》79.1 (2008.3)：1-40。
20. 〈唐妃娘娘阿吉剌考〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》79.1 (2008.3)：41-61。
21. 〈和林元碑與嶺北官員管窺〉，《法國漢學》（北京：中華書局，2007），第12輯（《邊臣與疆吏》），頁324-351。