經歷：
英國皇家歷史學會會士(2005.7-)
中央研究院院士(2004.7-)
本所所長(2003.10 -2009.10)
中央研究院蔡元培人文社會科學研究中心主任(2003.01-2004.6)
本所助理研究員(1985.8-1993.5)，副研究員(1993.5-1998.10)，研究員(1998.10-2005.9)，特聘研究員(2005.9.8-)
國立清華大學歷史研究所兼任副教授(1993-)，兼任教授(1998.10-)
國立臺灣大學歷史系兼任副教授(1994-)，兼任教授(1998.10-)
中央研究院歷史語言研究所副所長(1994.6-1995.7)
傑出人才發展基金會「傑出人才講座」(1998-2003)
國家科學委員會人文及社會科學處副處長(2000. 1-2000. 6)
國家科學委員會人文及社會科學處處長(2000.7-2002.12)
國家科學委員會歷史學門諮議委員(2003. 01-)
國家科學委員會顧問(2003. 01-)
教育部學術審議委員(2003-)

在我剛進入歷史這個行業時，最感興趣的課題是「近代集權主義的興起」。因為從很早開始，我便因為一些捕風捉影的訊息，被近代集權政權的暴虐嚇呆了，我很想了解它的根源。這個野心在許多年後徹底幻滅──1980年代的一個夏天，我在美國一個小學院的圖書館中，偶然看到大半架與近代集權主義相關的書，立刻憬悟到這個領域恐怕太擁擠了。

但是，後來我的興趣還是在了解：是什麼歷史因素造成了今天的我們？這就牽涉到近世中國。我的「近世」從明代中期一直到1950年代，關心的重點是思想、學術以及文化的歷史，事實上只要是這幾個世紀中的問題，我都有濃厚的興趣。當然在我處理過的各式各樣主題中，還是可以勉強找出兩、三個理路。譬如：明末清初與清末民初的兩次思想轉型、明代後期以來商業社會、城市文化與古典儒家以農業文明為主的思想心態之間的較勁與磨合等。當然，我也寫過一批與章太炎、梁啟超、胡適、傅斯年等近代思想、學術巨擘有關的文字，而在傅斯年研究方面，我非常受益於本所收藏的各種手稿。此外，我也非常關心過去因政治壓力或主流論述的壓抑而忽略的雜音、沉晦不明的歷史現象或思想人物。

在我的研究學習過程中，我總是儘可能結合思想史、生活史、文化史來處理特定問題，而且始終保持一種方法論上的警覺：過去有一些史學家處理歷史問題時，往往以「後見之明」倒溯回去，從「已知」的結果倒溯回未知的過去，所以有時候會出現不恰當的因果配搭、錯誤的解讀，或忽略了多元競逐的聲音。

在未來五至十年之間，我想繼續完成以前幾個方面的研究，它們分別是晚明思想文化的狀況、明清思想的轉型、清代嘉道咸時期的思想世界，以及近代中國「後經典時代」的意識結構。

龔自珍〈釋風篇〉說：「古人之世倏而為今之世，今人之世倏而為後之世，旋轉簸盪而不已，萬狀而無狀，萬形而無形。」我認為史學工作者的任務之一，是捕捉「萬狀而無狀，萬形而無形」的流風，而我將繼續在這條路上摸索。

專書

1. 《章太炎的思想》（臺北：時報出版公司，1985）。
2. 《古史辨運動的興起》（臺北：允晨文化出版公司，1987）。
3. Fu Ssu-nien: A Life in Chinese History and Politics (Cambridge: Cambridge University Press, 2000).
4. 《中國近代思想與學術的系譜》（石家莊：河北教育出版社，2001；臺北：聯經出版事業公司，2003）。
5. 《晚明清初思想十論》（上海：復旦大學出版社，2004）。
6. 《近代中國的史家與史學》（香港：三聯書店香港有限公司，2008.10，274頁）。

論文

1. 〈從傳統到反傳統──兩個思想脈絡的分析〉，收入周陽山主編，《從五四到新五四》（臺北：時報出版公司，1989），頁242-267。
2. 〈從曾靜案看十八世紀前期的社會心態〉，《大陸雜誌》85.4 (1992)：1-22。
3. 〈歷史記憶與歷史：以中國近世史事為例〉，《當代》91 (1993)：40-49。
4. 〈明末清初的人譜與省過會〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》63.3 (1993)：679-712。
5. "Fu Ssu-nien: the Latter Days of a May Fourth Youth,"The Gest Library Journal 6.1 (1993): 5-53.
6. 〈心即理說的動搖與明末清初學風之轉變〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》65.2 (1994)：333-372。
7. 〈道咸年間民間性儒家學派──太谷學派研究的回顧〉，《新史學》5.4 (1994)：141-162。
8. 〈邵懿辰 (1810-1861) 與清季思想的激烈化〉，《大陸雜誌》90.3 (1995)：1-8。
9. 〈劉師培與清末的無政府運動〉，《大陸雜誌》90.6 (1995)：1-9。
10. 〈讀傅斯年檔案札記〉，《當代》116 (1995)：30-53。
11. "The 'Daring Fool' Feng Fang (1500-1570) and His Ink Rubbing of the Stone-Inscribed Great Learning,"Ming Studies 35 (1995): 74-91.
12. 〈明代後期的造偽與思想爭論──豐坊與《大學》石經〉，《新史學》6.4 (1995)：1-20。
13. 〈傅斯年與陳寅恪〉，《中國文化》12 (1995)：238-241。
14. 〈清末民初的社會觀與傅斯年〉，《清華學報》25.4 (1995)：325-343。
15. 〈傅斯年對胡適文史觀點的影響〉，《漢學研究》14.1 (1996)：177-193。
16. 〈清末的歷史記憶與國家建構：以章太炎為例〉，《思與言》34.3 (1996)：1-18。
17. 〈什麼可以成為歷史證據──近代中國新舊史料觀點的衝突〉，《新史學》8.2 (1997)：93-132。
18. 〈明末清初思想中之「宗旨」〉，《大陸雜誌》94.4 (1997)：1-4。
19. 〈清初思想趨向與《劉子節要》──兼論清初蕺山學派的分裂〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》68.2 (1997)：417-448。
20. 〈清初的講經會〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》68.3 (1997)：503-588。
21. 〈陳寅恪與近代中國的兩種危機〉，《當代》122 (1997)：44-63。
22. 〈中國近代思想中的傳統因素：兼論思想的本質與思想的功能〉，《學人》12 (1997)：1-28。
23. 〈近代中國私人領域的政治化〉，《當代》125 (1998)：110-129。
24. "Evolving Prescriptions for Social Life in the Late Qing and Early Republic: From Qunxue to Society," in Imagining the People: Chinese Intellectuals and the Concept of Citizenship, 1890-1920, ed. Joshua Fogel and Peter Zarrow (New York: M. E. Sharpe, 1997), pp. 258-278.
25. 〈潘平格與清初思想界〉，《亞洲研究》23 (1997)：224-268。
26. 〈戊戌前後思想資源的變化：以日本因素為例〉，《二十一世紀》45 (1998)：47-54。
27. 〈明末清初儒學的宗教化──以許三禮的告天之學為例〉，《新史學》9.2 (1998)：89-123。
28. 〈明末清初的一種道德嚴格主義〉，收入郝延平、魏秀梅主編，《近世中國之傳統與蛻變：劉廣京院士七十五歲祝壽論文集》（臺北：中央研究院近代史研究所，1998），頁69-81。
29. 〈日譜與明末清初思想家──以顏李學派為主的討論〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》69.2 (1998)：245-294。
30. 〈清初思想中形上玄遠之學的沒落〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》69.3 (1998)：557-587。
31. 〈方東樹與晚清學風〉，《慶祝楊向奎先生教研六十年論文集》（石家莊：河北教育出版社，1998），頁557-567。
32. 〈王國維與傅斯年：以《殷周制度論》與《夷夏東西說》為主的討論〉，收入孫敦恒、錢競編，《紀念王國維先生誕辰120周年學術論文集》（廣州：廣東教育出版社，1999），頁10-31。又收入賀照田、趙汀陽主編，《學術思想評論•第三輯》（瀋陽：遼寧大學出版社，1998），頁473-492。
33. "Gu Jiegang," in Modern China: An Encyclopedia of History Culture, and Nationalism, ed. Wang Ke-wen (New York: Garland Publishing Inc., 1998), pp. 128-129.
34. "New Tide Society," in Modern China: An Encyclopedia of History Culture, and Nationalism, ed. Wang Ke-wen (New York: Garland Publishing Inc., 1998), pp. 242-243.
35. 〈清初的下層經世思想：陳瑚、陸世儀與蔚村〉，《大陸雜誌》98.1 (1999)：1-21。
36. 〈思潮與社會條件〉，收入余英時等著，《五四新論：既非文藝復興‧亦非啟蒙運動》（臺北：聯經出版事業公司，1999），頁103-143。
37. 〈明代心學家的社會角色──以顏鈞的「急救心火」為例〉，《鄭欽仁教授榮退紀念論文集》（臺北：稻鄉出版社，1999），頁249-266。
38. 〈汪悔翁與乙丙日記──兼論清季歷史的潛流〉，《東亞近代思想與社會：李永熾教授六秩華誕祝壽論文集》（臺北：月旦出版社，1999），頁279-318。
39. 〈晚清的政治概念與新史學〉，《學術史與方法學的省思：中央研究院歷史語言研究所七十周年研討會論文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2000），頁125-146。
40. 〈民國史學中的新派及其批評者〉，收入羅志田主編，《20世紀的中國：學術與社會‧史學卷》（濟南：山東人民出版社，2001），頁31-130。
41. 〈清初士人的悔罪心態與消極行為──不入城、不赴講會、不結社〉，收入周質平、Willard J. Peterson 編，《國史浮海開新錄：余英時教授榮退論文集》（臺北：聯經出版事業公司，2002），頁367-418。
42. 〈近代知識份子自我形象的轉變〉，《國立臺灣大學文史哲學報》56 (2002)：1-28。
43. "Zhang Binglin (Chang Ping-lin)," in Encyclopedia of Chinese Philosophy, ed. Antonio S. Cua (London: Routlege Press, 2003), pp. 854-857.
44. 〈中國近代思想文化史研究的若干思考〉，《新史學》14.4 (2003)：177-194。
45. 〈《中國近三百年學術史》中的一件公案──再論黃宗羲與陳確的思想交涉〉，見新亞學術期刊編輯委員會編，《錢賓四先生百齡紀念會學術論文集》（收入《新亞學術集刊》〔香港：香港中文大學新亞書院，2003〕，第14期），頁241-260。
46. 〈歷史研究的新視野：重讀「歷史語言研究所工作之旨趣」〉，《中央研究院歷史語言研究所七十五周年紀念文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2004），頁161-176。
47. 〈對《文史通義‧言公》篇的新認識〉，收入丘慧芬編，《自由主義與人文傳統：林毓生先生七秩壽慶論文集》（臺北：允晨文化實業公司，2005），頁229-256。
48. 〈從經學向史學的過渡：廖平與蒙文通的例子〉，《歷史研究》（北京）2005.2：59-74。
49. 王汎森著，冰野善寬譯，〈歷史と社會：中國近代史學の回顧〉，《關西大學中國文學會紀要》26 (2005)：29-46。
50. 〈錢穆與民國學風〉，《燕京學報》新21 (2006)：1-35。
51. 〈「主義」與「學問」──一九二○年代中國思想界的分裂〉，收入劉翠溶主編，《四分溪論學集：慶祝李遠哲先生七十壽辰》（臺北：允晨文化實業公司，2006），上冊，頁123-170。
52. "Preface," in The Politics of Historical Production in Late Qing and Republican China, ed. Tze-ki Hon and Robert Joseph Culp (Leiden, Boston: Brill, 2007), pp. vii-xi.
53. 〈從「新民」到「新人」──近代思想中有關「自我」的幾個問題〉，收入氏編，《中國近代思想史的轉型時代——張灝院士七秩祝壽論文集》（臺北：聯經出版事業公司，2007），頁171-200。
54. 〈清代儒者的全神堂──《國史儒林傳》與道光年間顧祠祭的成立〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》79.1 (2008.3)：63-93。
55. 〈從東亞交涉史料看中國〉，《東アジア文化交涉研究》別冊1 (2008.3)：93-96。
56. 〈近代中國的線性歷史觀──以社會進化論為中心的討論〉，《新史學》19.2 (2008.6)：1-46。
57. "The New Academic Movement in Modern China and the Humanities," 韓國成均館大學校大東文化研究院 The Journal of Eastern Studies: Dae Dong Mun Hwa Yon Gu 63 (2008.9): 81-100.
58. 〈後五四的思想變化──以人生觀問題為例〉，收入國家圖書館參考組編輯，《五四運動論著目錄初稿》（《國家圖書館叢刊‧專題選目類》第14種；臺北：國家圖書館，2009.3），頁47-59。

書評

1. 〈評Peter Burke, The French Historical Revolution〉，《新史學》3.2 (1992)：169-180。
2. 〈評Carlo Ginzberg, Clues, Myths, and the Historical Method〉，《新史學》6.3 (1995)：217-228。
3. 〈歷史方法與歷史想像：余英時的《朱熹的歷史世界》〉，《中國學術》（北京）總18 (2004)：219-237。（原應為2004出版，該刊脫期，實際出版時間為2005。）

編輯整理

1. 杜正勝、王汎森主編，《傅斯年文物資料選輯》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1995）。
2. 杜正勝、王汎森主編，《新學術之路：中央研究院歷史語言研究所七十周年紀念文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1998）。

其他

1. 〈傅斯年往來書信選：陳寅恪部份〉，連載《聯合報》，1995.12。
2. 〈史語所藏胡適與傅斯年來往函札〉，《大陸雜誌》93.3 (1996)：1-23。
3. 〈陳寅恪的未刊往來書信〉，《當代》123 (1997)：64-68；124 (1997)：52-61。
4. 〈劉半農與史語所的「民間文藝組」〉，《新學術之路：中央研究院歷史語言研究所七十周年紀念文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1998），上冊，頁119-133。
5. 〈容肇祖與歷史語言研究所〉，《新學術之路：中央研究院歷史語言研究所七十周年紀念文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1998），上冊，頁345-352。
6. 〈李晉華與《明實錄》〉，《新學術之路：中央研究院歷史語言研究所七十周年紀念文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1998），下冊，頁467-473。
7. 〈逯欽立與《先秦漢魏晉南北朝詩》〉，《新學術之路：中央研究院歷史語言研究所七十周年紀念文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1998），下冊，頁773-781。