經歷：
英國皇家歷史學會會士(2005.7-)
中央研究院院士(2004.7-)
本所所長(2003.10 -)
中央研究院蔡元培人文社會科學研究中心主任(2003.01-2004.6)
本所助理研究員(1985.8-1993.5)，副研究員(1993.5-1998.10)，研究員(1998.10-2005.9)，特聘研究員(2005.9.8-)
國立清華大學歷史研究所兼任副教授(1993-)，兼任教授(1998.10-)
國立臺灣大學歷史系兼任副教授(1994-)，兼任教授(1998.10-)
中央研究院歷史語言研究所副所長(1994.6-1995.7)
傑出人才發展基金會「傑出人才講座」(1998-2003)
國家科學委員會人文及社會科學處副處長(2000. 1-2000. 6)
國家科學委員會人文及社會科學處處長(2000.7-2002.12)
國家科學委員會歷史學門諮議委員(2003. 01-)
國家科學委員會顧問(2003. 01-)
教育部學術審議委員(2003-)

專書

1. 《章太炎的思想》（臺北：時報出版公司，1985）。
2. 《古史辨運動的興起》（臺北：允晨文化出版公司，1987）。
3. Fu Ssu-nien: A Life in Chinese History and Politics (Cambridge: Cambridge University Press, 2000).
4. 《中國近代思想與學術的系譜》（石家莊：河北教育出版社，2001；臺北：聯經出版事業公司，2003）。
5. 《晚明清初思想十論》（上海：復旦大學出版社，2004）。

論文

1. 〈從傳統到反傳統──兩個思想脈絡的分析〉，收入周陽山主編，《從五四到新五四》（臺北：時報出版公司，1989），頁242-267。
2. 〈從曾靜案看十八世紀前期的社會心態〉，《大陸雜誌》85.4 (1992)：1-22。
3. 〈歷史記憶與歷史：以中國近世史事為例〉，《當代》91 (1993)：40-49。
4. 〈明末清初的人譜與省過會〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》63.3 (1993)：679-712。
5. "Fu Ssu-nien: the Latter Days of a May Fourth Youth,"The Gest Library Journal 6.1 (1993): 5-53.
6. 〈心即理說的動搖與明末清初學風之轉變〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》65.2 (1994)：333-372。
7. 〈道咸年間民間性儒家學派──太谷學派研究的回顧〉，《新史學》5.4 (1994)：141-162。
8. 〈邵懿辰 (1810-1861) 與清季思想的激烈化〉，《大陸雜誌》90.3 (1995)：1-8。
9. 〈劉師培與清末的無政府運動〉，《大陸雜誌》90.6 (1995)：1-9。
10. 〈讀傅斯年檔案札記〉，《當代》116 (1995)：30-53。
11. "The 'Daring Fool' Feng Fang (1500-1570) and His Ink Rubbing of the Stone-Inscribed Great Learning,"Ming Studies 35 (1995): 74-91.
12. 〈明代後期的造偽與思想爭論──豐坊與《大學》石經〉，《新史學》6.4 (1995)：1-20。
13. 〈傅斯年與陳寅恪〉，《中國文化》12 (1995)：238-241。
14. 〈清末民初的社會觀與傅斯年〉，《清華學報》25.4 (1995)：325-343。
15. 〈傅斯年對胡適文史觀點的影響〉，《漢學研究》14.1 (1996)：177-193。
16. 〈清末的歷史記憶與國家建構：以章太炎為例〉，《思與言》34.3 (1996)：1-18。
17. 〈什麼可以成為歷史證據──近代中國新舊史料觀點的衝突〉，《新史學》8.2 (1997)：93-132。
18. 〈明末清初思想中之「宗旨」〉，《大陸雜誌》94.4 (1997)：1-4。
19. 〈清初思想趨向與《劉子節要》──兼論清初蕺山學派的分裂〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》68.2 (1997)：417-448。
20. 〈清初的講經會〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》68.3 (1997)：503-588。
21. 〈陳寅恪與近代中國的兩種危機〉，《當代》122 (1997)：45-63。
22. 〈中國近代思想中的傳統因素：兼論思想的本質與思想的功能〉，《學人》12 (1997)：1-28。
23. 〈近代中國私人領域的政治化〉，《當代》124 (1997)：110-129。
24. "Evolving Prescriptions for Social Life in the Late Qing and Early Republic: From Qunxue to Society," in Imagining the People: Chinese Intellectuals and the Concept of Citizenship, 1890-1920, ed. Joshua Fogel and Peter Zarrow (New York: M. E. Sharpe, 1997), pp. 258-278.
25. 〈潘平格與清初思想界〉，《亞洲研究》23 (1997)：224-268。
26. 〈戊戌前後思想資源的變化：以日本因素為例〉，《二十一世紀》45 (1998)：47-54。
27. 〈明末清初儒學的宗教化──以許三禮的告天之學為例〉，《新史學》9.2 (1998)：89-123。
28. 〈明末清初的一種道德嚴格主義〉，收入郝延平、魏秀梅主編，《近世中國之傳統與蛻變：劉廣京院士七十五歲祝壽論文集》（臺北：中央研究院近代史研究所，1998），頁69-81。
29. 〈日譜與明末清初思想家──以顏李學派為主的討論〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》69.2 (1998)：245-294。
30. 〈清初思想中形上玄遠之學的沒落〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》69.3 (1998)：557-587。
31. 〈方東樹與晚清學風〉，《慶祝楊向奎先生教研六十年論文集》（石家莊：河北教育出版社，1998），頁557-567。
32. 〈王國維與傅斯年：以《殷周制度論》與《夷夏東西說》為主的討論〉，收入孫敦恒、錢競編，《紀念王國維先生誕辰120周年學術論文集》（廣州：廣東教育出版社，1999），頁10-31。又收入賀照田、趙汀陽主編，《學術思想評論•第三輯》（沈陽：遼寧大學出版社，1998），頁473-492。
33. "Gu Jiegang," in Modern China: An Encyclopedia of History Culture, and Nationalism, ed. Wang Ke-wen (New York: Garland Publishing Inc., 1998), pp. 128-129.
34. "New Tide Society," in Modern China: An Encyclopedia of History Culture, and Nationalism, ed. Wang Ke-wen (New York: Garland Publishing Inc., 1998), pp. 242-243.
35. 〈清初的下層經世思想：陳瑚、陸世儀與蔚村〉，《大陸雜誌》98.1 (1999)：1-21。
36. 〈思潮與社會條件〉，收入余英時等著，《五四新論：既非文藝復興‧亦非啟蒙運動》（臺北：聯經出版事業公司，1999），頁103-143。
37. 〈明代心學家的社會角色──以顏鈞的「急救心火」為例〉，《鄭欽仁教授榮退紀念論文集》（臺北：稻鄉出版社，1999），頁249-266。
38. 〈汪悔翁與乙丙日記──兼論清季歷史的潛流〉，《東亞近代思想與社會：李永熾教授六秩華誕祝壽論文集》（臺北：月旦出版社，1999），頁279-318。
39. 〈晚清的政治概念與新史學〉，《學術史與方法學的省思：中央研究院歷史語言研究所七十周年研討會論文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2000），頁125-146。
40. 〈民國史學中的新派及其批評者〉，收入羅志田主編，《20世紀的中國：學術與社會‧史學卷》（濟南：山東人民出版社，2001），頁31-130。
41. 〈清初士人的悔罪心態與消極行為──不入城、不赴講會、不結社〉，收入周質平、Willard J. Peterson 編，《國史浮海開新錄：余英時教授榮退論文集》（臺北：聯經出版事業公司，2002），頁367-418。
42. 〈近代知識份子自我形象的轉變〉，《國立臺灣大學文史哲學報》56 (2002)：1-28。
43. "Zhang Binglin (Chang Ping-lin)," in Encyclopedia of Chinese Philosophy, ed. Antonio S. Cua (London: Routlege Press, 2003), pp. 854-857.
44. 〈中國近代思想文化史研究的若干思考〉，《新史學》14.4 (2003)：177-194。
45. 〈歷史研究的新視野：重讀「歷史語言研究所工作之旨趣」〉，《中央研究院歷史語言研究所七十五周年紀念文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2004），頁161-176。
46. 〈對《文史通義‧言公》篇的新認識〉，收入邱慧芬編，《自由主義與人文傳統：林毓生先生七秩壽慶論文集》（臺北：允晨文化實業公司，2005），頁229-256。
47. 〈從經學向史學的過渡：廖平與蒙文通的例子〉，《歷史研究》（北京）2005.2：59-74。
48. 王汎森著，冰野善寬譯，〈歷史の社會：中國近代史學の回顧〉，《關西大學中國文學會紀要》26 (2005)：29-46。
49. 〈錢穆與民國學風〉，《燕京學報》新21 (2006)：1-35。
50. 〈「主義」與「學問」──一九二○年代中國思想界的分裂〉，收入劉翠溶主編，《四分溪論學集：慶祝李遠哲先生七十壽辰》（臺北：允晨文化實業公司，2006），上冊，頁123-170。
51. "Preface," in The Politics of Historical Production in Late Qing and Republican China, ed. Tze-ki Hon and Robert Joseph Culp (Leiden, Boston: Brill, 2007), pp. vii-xi.
52. 〈從「新民」到「新人」──近代思想中有關「自我」的幾個問題〉，收入氏編，《中國近代思想史的轉型時代——張灝院士七秩祝壽論文集》（臺北：聯經出版事業公司，2007），頁171-200。
53. 〈對「全球化」情境下的臺灣文化的幾點觀察〉，收入沈憲欽、劉端翼、曲家琪文編，《知識分子的省思對話》（臺北：時報文教基金會，2008.2），頁62-73。
54. 〈清代儒者的全神堂──《國史儒林傳》與道光年間顧祠祭的成立〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》79.1 (2008.3)：63-93。
55. 〈從東亞交涉史料看中國〉，《東アじア文化交涉研究》別冊1 (2008.3)：93-96。
56. 〈近代中國的線性歷史觀──以社會進化論為中心的討論〉，《新史學》19.2 (2008.6)：1-46。

書評

1. 〈評Peter Burke, The French Historical Revolution〉，《新史學》3.2 (1992)：169-180。
2. 〈評Carlo Ginzberg, Clues, Myths, and the Historical Method〉，《新史學》6.3 (1995)：217-228。
3. 〈歷史方法與歷史想像：余英時的《朱熹的歷史世界》〉，《中國學術》（北京）總18 (2004)：219-237。（原應為2004出版，該刊脫期，實際出版時間為2005。）

會議論文

1. 〈近三百年學術史中的一件公案：再論黃宗羲與陳確的思想交涉〉，發表於「錢賓四先生百齡紀念」學術研討會，香港：中文大學，1995年。
2. 〈傅斯年遺稿的學術史意義〉，發表於「傅斯年與中國文化」國際學術研討會，山東：聊城大學，2004年8月24-27日。

編輯整理

1. 杜正勝、王汎森主編，《傅斯年文物資料選輯》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1995）。
2. 杜正勝、王汎森主編，《新學術之路：中央研究院歷史語言研究所七十周年紀念文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1998）。

其他

1. 〈傅斯年往來書信選：陳寅恪部份〉，連載《聯合報》，1995.12。
2. 〈史語所藏胡適與傅斯年來往函札〉，《大陸雜誌》93.3 (1996)：1-23。
3. 〈陳寅恪的未刊往來書信〉，《當代》123 (1997)：64-68；124 (1997)：52-61。
4. 〈劉半農與史語所的「民間文藝組」〉，《新學術之路：中央研究院歷史語言研究所七十周年紀念文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1998），上冊，頁119-133。
5. 〈容肇祖與歷史語言研究所〉，《新學術之路：中央研究院歷史語言研究所七十周年紀念文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1998），上冊，頁345-352。
6. 〈李晉華與《明實錄》〉，《新學術之路：中央研究院歷史語言研究所七十周年紀念文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1998），下冊，頁467-473。
7. 〈逯欽立與《先秦漢魏晉南北朝詩》〉，《新學術之路：中央研究院歷史語言研究所七十周年紀念文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1998），下冊，頁773-781。