1928年本所初創規劃八組。1929年裁併成三組，第一組為歷史學組，包括原先的史料學組、文籍考訂組和敦煌材料組，但其後續有擴充。

本學門的研究範圍涵蓋傳統中國史的多數主要領域，以及相關史料之校勘與整理。研究工作可分二端：一是秉持傳統、尊重研究人員個別興趣與專長的研究；二是注重團隊合作。本所個人的研究成績向來卓著，如傅斯年和徐中舒的上古史、陳寅恪和岑仲勉的中古史、勞榦的漢史、嚴耕望的漢唐史、陳槃的經籍讖緯、全漢昇的經濟史、王叔岷的校勘學和黃彰健的明清史等，均聞名於學林。其他傑出研究包含一般歷史、宗教史、社會經濟史、古代民族與古代地理、曆法、文學史、文字及訓詁等等不一而足。近年新秀輩出，研究方向偏重在政治軍事與社會、近世社會變革、文化與思想、學術史與史學理論、生活史與社會史、法律史、經濟史、藝術史等方面的課題。此外也陸續擴充了一些新領域，如海洋史、世界史與中外關係史。

集體性的史料整理成績亦稱斐然。舉其大端有校勘整理《明實錄》3045卷，並附《校勘記》29冊，此項工作至1968年全部竣工。明清內閣大庫殘餘檔案，曾編印《明清史料》甲編至癸編計100冊，1981年重新全面整理出版，現已透過網際網路提供文字提要和全文影像的檢索、閱讀和列印（請參考「明清檔案工作室」）。同年，開始編纂《唐代墓誌銘彙編》，共完成18冊。至於居延漢簡，過去勞榦先生整理研究，並出版圖版和考釋；1991年之後，利用電腦掃描和紅外線照相的技術，與其他學門同仁重新整理，已出版《居延漢簡補編》。近年從事的典籍史料整理工作，包括編纂居延漢簡新編、魏晉南北朝碑拓，整理釋讀宋代墓誌、遼金元碑刻拓本，點校《元典章》，編輯整理丁文江檔案、整理傅斯年來往書信等。而團隊式的重點研究，則以「研究室」、「研究群」的形式展開，以突顯全所性的研究特色，目前計有「法律史研究室」、「文化思想史研究室」、「世界史研究室」、「文物圖象研究室」，以及「制度與社會」、「制度與權力」、「宋代基層人物與社會」、「唐宋社會變遷」等研究群。

無論以個人或團隊合作方式，本學門同仁經由重點研究與國際交流，皆能反映國際學術界最新的動態，對國內史學界產生相當實質的影響。在研究取向上，延續傳統紮實的學風、重視資料的開拓與整理。而部分同仁之研究旨趣兼跨不同領域，一方面顯示個人經過長期知識累積後的融會貫通，另一方面也是個人研究領域的拓展。

研究人員：
王汎森、邢義田、黃進興、洪金富、劉淑芬、劉錚雲、 柳立言、陳國棟、于志嘉、何漢威、陳鴻森、李孝悌、范毅軍、石守謙、祝平一、陳弱水（合聘）、邱澎生、邱仲麟、陳熙遠、張谷銘、陳正國、王鴻泰、陳雯怡、劉欣寧、李仁淵

本所設所之初，籌設八組，考古學即為其中之一。此後組織重整共分三組，其中第三組負責考古學、人類學和民物學的研究。1934年，人類學研究移出另成人類學組，第三組乃專責考古學研究。

1928至1937年，考古學組在河南安陽進行了十五次發掘，其中殷墟發掘發現宮殿遺址和王陵，出土大量甲骨以及銅器、陶器、石器等，為重建中國古史研究開啟新紀元，奠定本所在世界學術界的重要地位。此外，1928至1946年間，也在中國各地從事許多考古發掘和調查，樹立中國現代田野考古學的規範。

遷臺之後，整理先前發掘之資料，先後出版《中國考古報告集》（小屯、侯家莊、古器物研究專刊）等二、三十巨冊。稍後逐步開展臺灣田野考古，1972年國科會推動「臺灣省濁水溪與大肚溪流域自然與文化史科際研究計畫」，在本所成立「臺灣考古研究室」。此後，臺灣考古乃成為本所重要的工作項目，田野發掘與調查區域遍布北部、花東海岸，大甲溪、大肚溪、濁水溪、曾文溪、高屏溪等流域，以及綠島、蘭嶼和澎湖群島等地；發掘遺址比較重要的有大馬璘、圓山、曲冰、左營、十三行、鵝鑾鼻、南科道爺遺址，以及正在搶救發掘中的西寮遺址，對臺灣古代文化的研究和重建提供了重要的資料。

目前本學門主要研究工作分四大主題：一、以中原為中心之亞洲大陸地區研究（包括安陽考古、中國上古史、佛教美術考古）；二、以臺灣為中心之東南亞地區史前文化研究（包括臺灣史前史、南島民族遷移史、考古學理論與方法）；三、歷史考古學與臺灣早期歷史建構（包括九世紀以來環南海考古學研究、臺灣早期歷史之考古學研究、臺灣美術史）；四、科技考古學（包括金相、陶器、土壤的實驗分析）。近年來更大力協助政府及民間機構進行文化資產維護與環境影響評估工作，為社會做出很大的貢獻。

為了在既有的基礎上提升研究水準、發展研究特色、拓展研究領域，本學門設有「臺灣與東南亞考古學研究室」，用以匯整臺灣考古界的研究力量，進一步對臺灣及相關地區的古文化展開深入的探討。本學門同仁的研究成果在臺灣考古學界占有重要地位，在學術研究之外，近年幾處重大的考古遺址發掘，成果豐碩，對推展臺灣史前史研究尤有助益。

本學門考古研究主要以臺灣、中原為兩大研究區域，而本院人文社會科學研究中心轄下所設「考古學專題研究中心」則以中國東南沿海與島嶼東南亞太平洋地區為主要研究區域，並發展跨學科的區域研究，二者可形成互補，達成本院考古學的總體研究。

研究人員：
臧振華、顏娟英、劉益昌、陳玉美、陳光祖、李匡悌、陳維鈞、李永迪、內田純子、郭素秋、邱敏勇、趙金勇
研究技術人員：
林淑芬

本所初創即設有人類學及民物學組，並在廣州、雲南開展體質人類學調查。第二年併入考古學組。1933年本院社會科學研究所併入本所，一年後該單位轉而與北平社會調查所合作，但其中的民族學組仍留在本所，並改稱人類學組，聘吳定良為主任。後來吳定良籌組體質人類學研究所，1946年改聘凌純聲為主任。1955年本院民族學研究所成立，凌先生出任所長，但本所人類學組仍然維持不變。

原社會科學研究所民族學組之研究對象，係以中國東北及西南地區少數民族之原始文化為主。及人類學組成立，文化人類學與體質人類學並重。但因東北淪陷，乃專重西南民族調查。逮及本院成立民族學研究所，本學門之研究範圍維持體質人類學，至於文化人類學則轉以民族史為主。

1980年以後，本學門在研究方法及研究範疇上有新的發展，其研究重點為利用歷史材料以及田野工作所蒐集的當代民間材料，從事社會史、民族史、宗教史、醫療史、以及生活禮俗史之研究，大抵屬於歷史人類學的範圍，而總歸於社會和文化。近年的研究主軸以醫療文化、生活禮俗、宗教信仰、族群歷史與跨文化比較為主，除了傳統文獻與考古發掘資料之外，亦大量運用文字、圖片與影像之田野調查資料，結合歷史學與人類學的研究方法，輔以其他社會科學理論，探討過去史學界較少注意的課題。過去五年的研究特色，則從注意中國歷史上的「下層文化」的進路轉而著重在「被忽略的中層」（neglected middle），這個「中層」歷史打破官、民的二分，包括了不同階層人共同實踐的基礎。其次，對於正統的建立展現興趣，如古典醫學、婦科醫學的確立等。此外，同仁對於「中心」與「邊陲」的關係亦多所著墨，不論是以「漢與邊疆文化」或以「帝國中心與殖民地」的方式呈顯研究對象，都有很好的成績。

由於有「生命醫療史研究室」和「禮俗宗教研究室」兩個研究群體作為互動的機制，同仁之間溝通頻繁，探討課題的內在對話明顯，除了研究個別歷史問題外，亦不時針對相關領域的發展回顧省思。過去數年間推動的醫療史研究、宗教研究、族群歷史研究，不僅在臺灣史學界引領風潮，所得研究成果在國際漢學界也居於領先地位。醫療文化研究的成果正陸續編輯為「生命醫療史叢書」出版。

研究人員：
劉增貴、王明珂、林富士、李貞德、李建民、黃銘崇、李尚仁、戴麗娟、林聖智、王道還、鄭雅如

本所初創有漢字組之設，翌年改組，漢字組與漢語組合併為第二組。但第二組向以語言學見長，而著名的甲骨學者董作賓則屬於考古學組，故有相當長的時間，本所並無文字學專門組屬。及至1958年成立「甲骨文研究室」，專研甲骨文。但因同仁所學不以甲骨為限，而擴及秦漢文字等，乃於1990年改名「文字學組」。

本學門早年主要的工作為甲骨文及其相關研究，亦在此一領域獨占鰲頭，是以甲骨文研究乃成為本所學術的一大特色。出版重要的基本資料如《殷虛文字甲編》、《殷虛文字乙編》及《乙編補遺》，完成《殷虛文字丙編》上、中、下三輯之綴合；考釋則有《殷虛文字甲編考釋》和《甲骨文字集釋》。另外《金文詁林補》一書，主持人雖非本組成員，學術業績則屬於文字學。近年則有《甲骨綴合集》和《續集》，以及即將完成的《甲骨文字編》。

古文字材料每年皆有新的發現及出版，主要集中在新出土甲骨、金文與秦簡、楚簡的釋讀與分析等。本學門目前主要的研究工作，亦依此分為甲骨、金文及簡牘三大部分。除了從事基本資料的解讀、考釋之外，並以正確的資料為基礎，拓展新的領域，包括出土文獻與傳統文獻比較研究、先秦社會生活及禮制研究、金石學以及漢字發展史研究等。2006年，本學門舉辦「第一屆古文字與古代史學術討論會」，將本所結合「古文字」與「古代史」的傳統具體呈現；研討會的成果已結集為《古文字與古代史》第一輯。今後將每兩年舉辦一次，相信可以帶動以古文字材料研究古代史的風氣，對於古代歷史將有更多的發現。群體研究方面，同仁參與本所相關的專題研究室有「文物圖象研究室」、「古代文明研究室」；另設有「金文工作室」，多年來已建立起藝術史、考古學、歷史學與古文字學間的聯絡網。

另外，本學門同仁亦持續建構古文字電子資料庫，以及整理出版本所珍藏史料。前者如殷周金文暨青銅器資料庫、漢字構形資料庫、先秦銅器紋飾資料庫、先秦甲骨金文簡牘詞彙資料庫。後者如《傅斯年圖書館珍藏青銅器全形拓精品集》、《史語所購藏青銅器選集》、《史語所購藏甲骨》、宋本《文苑英華》。其他如未公布小片甲骨，以及傅斯年圖書館藏青銅器銘文拓片、陳介祺往來函札等等的整理工作均持續進行。這些工作的成果，不僅為學術界提供服務，同時對中國古器物、文字與歷史研究，帶來全新的影響。

研究人員：
林素清、陳昭容、蔡哲茂、李宗焜、顏世鉉