本所之建置，自一九二九年確立歷史、語言和考古三組，一九三三年一度與社會科學研究所合併，改稱「歷史語言社會研究所」，一九三四年四月分開，同年五月增設人類學組，一九五八年增設甲骨文研究室，一九九○年易名為文字學組。全所最大規模共分五組，至一九九七年語言學組成立籌備處，本所名稱維持不變，分為歷史學、考古學、人類學和文字學四組。二○○三年配合院方廢組政策，改組為學門，仍維持既有運作模式。
現在本所有四學門、三館、八個專題研究室及五個工作室、三個實驗室。四學門即歷史學、考古學、人類學和文字學四個學門，是研究人員隸屬的長久性建制。三館分別收藏本所重要圖書和文物，即傅斯年圖書館，收藏研究用的圖書資料；文物陳列館，收藏中國考古與民族文物；以及臺灣考古館，收藏臺灣考古標本。專題研究室、工作室與實驗室，則作為本所學術的基地，匯聚所內、所外與院外的研究人力和資源，以推動學術的發展。其詳分別見於本簡介相關篇章之說明。學術行政的運作，所長綜理全所事務，副所長襄贊之，其下設事務、秘書、會計、資訊四室。所務會議是本所最高決策機構。學術諮詢委員，由院聘所外學者組成，決議本所學術發展之政策與方向，此外還有編輯出版部，以及學術發展、圖書館、資訊三個常設委員會。其間關係參看「本所組織架構圖」。
※ ※ ※ ※
本所現有研究人員共五十八人﹝含一位研究助技師﹞，歷史學門二十五人，考古學門十二人，人類學門十四人，文字學門六人，數位典藏計畫一人。因為人類學門基本上以歷史學為主，就學術背景而言，除體質人類學家一人外，其餘十三人都可以算是歷史家，故專長大類之分析，歷史學有三十八人，考古學十二人，文字學六人，體質人類學一人，數位典藏一人。
就史學專業分科而言，包含婦女史、生活史、法制史、藝術史、民族史、宗教史、思想史、社會文化史、政治社會史和社會經濟史等。專業分科往往一人兼領多科，宗教史、思想史、藝術史也都含有社會史的成分，所以本所的歷史學家是以廣義的社會史佔最大多數。
考古學門以臺灣考古為主。考古學家也多有跨領域的情況，全力投入或部分力量投入研究大陸考古學者不會超過四人，不過連同別組合計，屬於廣義之中國考古學者當有六、七人。文字學六人，均屬於古文字學者，其中甲骨文和戰國文字佔多數。
本院既以研究為職志，各所成績固當以研究成果之優劣多寡為衡量的標準。本所自創所以來便建立高標準的出版原則，舉凡史料整理、考古發掘、語言及民族調查的報告和研究皆經過嚴格的審核。七十三年來計出版集刊七十二本共二百○一分，古今論衡半年刊七本，Asia Major六本，考古報告集三十六本，各種專刊一百三十七種，史料六百六十九冊，以及其他各種論文集三十一種。
