1860年代臺灣開放通商口岸後，西洋傳教士馬雅各、馬偕等人陸續來臺，開設診所治療病患，以醫療輔助傳教，開啟臺灣西方醫療的黎明期。1895年，臺灣因馬關條約而割讓予日本，臺灣總督府基於殖民統治的需要，將西方近代醫學與公共衛生體制移入臺灣。

日本領臺初期，臺灣總督府致力於鼠疫、霍亂、瘧疾等急性傳染病的防治，開始推動各項衛生措施及培育醫療人才，分別在主要城市進行衛生工程建設，設置官立醫院、公醫制度、臺灣總督府醫學校等。

1920年代以降，各種傳染病有效被控制，總督府開始重視慢性傳染病，以及癩病、結核病、性病等特殊社會性疾病問題。1930年1月，總督府設置「更生院」，作為鴉片烟癮矯正治療的機構；同年12月，開辦「樂生院」，進行癩病患者的隔離療養，同時並透過各類教育系統強調個人衛生及健康習慣之養成。

醫學教育方面，從1897年創立「醫學講習所」到1936年成立「臺北帝國大學醫學部」，醫學教育機構歷經多次變革，培育許多近代醫療人才。

傳統醫療方面，1901年臺灣總督府發佈「臺灣醫師免許規則」，實施漢醫檢定制度，臺灣合格漢醫人數逐年減少，相反地，醫學校畢業生漸次增加，1922年以後西醫人數超過漢醫，西醫成為臺灣社會醫療的主體。

本展覽以主要的傳染病為主軸，介紹日治時期各項防治措施和衛生建設，藉以瞭解此一時期醫療與衛生發展的歷程。